Η Συντονιστική Επιτροπή του ΠΜΣ είναι, μαζί με το Διευθυντή, δεκαμελής. Αποτελείται από το Διευθυντή των Μεταπτυχιακών Σπουδών και μέλη ΔΕΠ που έχουν αναλάβει μεταπτυχιακό έργο ή επίβλεψη διδακτορικών διατριβών και που ορίζονται από τη ΓΣΕΣ σε συνεδρίασή της τον Ιούνιο της προηγούμενης ακαδημαϊκής χρονιάς. Κάθε Τομέας, από τους τέσσερις παλαιούς Τομείς του Τμήματος ΗΜΜΥ, συμμετέχει με δύο μέλη, τον εκάστοτε διευθυντή του Τομέα και ένα ακόμη μέλος, που εκλέγεται από τη Γενική Συνέλευση του Τομέα, καθώς και από ένα μέλος ΔΕΠ εκπρόσωπο του Τομέα Λογισμικού και Ανάπτυξης Εφαρμογών. Η ΣΕ είναι εισηγητικό όργανο με σημαντικές αρμοδιότητες και εκτός των άλλων, αποφασίζει ποια μαθήματα θα διδαχθούν κατά το χειμερινό και εαρινό εξάμηνο του επόμενου ακαδημαϊκού έτους και συντάσσει το πρόγραμμα διδασκαλίας του ΠΜΣ.